Rétrospective

Vous avez été nombreux à suivre les projections que nous avons publiées quotidiennement depuis plus d’un mois sur l’évolution du nombre de cas déclarés atteints du Covid-19 en Suisse. Alors qu’un retour à la normale semble être envisageable et que la tendance du nombre de cas détectés est de jour en jour à la baisse, nous avons décidé de mettre un terme à l’actualisation de nos projections et de vous présenter une rétrospective de notre travail.

Rétrospective des prédictions du Covid-19 en Suisse

En termes de résultats, nous sommes fiers de constater que nos projections se sont avérées être de très bonne qualité et que la majorité des chiffres estimés sont proches de la réalité observée aujourd’hui. Nous annoncions dans nos premières publications que le pic principal surviendrait en tout début avril, avec un nombre de cas déclarés en un jour d’environ 1’300. Un pic unique et clair n’a pas été observé à une date précise mais la période fin mars-début avril a effectivement constitué le sommet de la courbe avec une valeur maximale de nouveaux cas de 1’321 personnes. Nous prédisions de plus qu’à la mi-mai, environ 35’000 personnes auraient contracté le virus alors qu’en date du 10 mai 2020, 30’305 cas totaux ont été enregistrés. Finalement, nous estimions que dès le début mai, la première vague importante serait derrière nous, ce qui se confirme actuellement.

De multiples facteurs ont contribué à l’obtention de résultats de cette précision. Entre autres, la collaboration précieuse avec un médecin spécialiste en épidémiologie nous a permis d’appréhender optimalement les modèles mathématiques sous-jacents aux projections. Grâce à sa connaissance, nous avons pu interpréter correctement les différentes mesures prises par le Conseil fédéral et nous avons ainsi su affiner les paramètres de nos modèles.

Nous sommes persuadés que la collaboration entre différents domaines d’expertise permet d’utiliser les données de façon optimale et transparente. Nos connaissances mathématiques et statistiques nous ont par ailleurs permis d’évaluer la vraisemblabilité de l’ampleur de la vague.

Nous espérons sincèrement que nos projections vous ont offert un outil pour mieux appréhender cette crise, autant sur le plan professionnel que privé. Nous serions ravis de recevoir votre retour au travers du questionnaire en ligne proposé ci-dessous. Celui ne prend pas plus de 2 minutes pour être rempli. Merci d’avance de nous aider à améliorer l’expérience de nos utilisateurs !

[écrit le 11 mai 2020]

Four avian infectious bronchitis virus (IBV) virions
Four avian infectious bronchitis virus virions (Coronaviridae)

Présentation

Nous présentons ci-dessous le modèle et les paramètres utilisés pour approximer l’évolution du COVID-19 en Suisse.

Les prévisions que nous proposons sont à prendre de manière informative. Elles ne représentent en aucun cas une projection certaine de l’évolution du COVID-19. Les modèles choisis offrent une approximation simplifiée de la complexité du phénomène réel. La méthodologie a toutefois été vérifiée sur les données des pays suivants: France, Allemagne, Chine et Italie.

Ce projet a été réalisé hors mandat et sous les conseils d’un expert en épidémiologie.

“Forecasting is the art of saying what will happen, and then explaining why it didn’t! ”
-Anonymous

Accéder aux graphiques

Modèle et paramètres

Les projections sont calculées à partir des données du nombre de cas déclarés par pays provenant de la base de données du Johnas Hopkins Whiting School of Engineering [1]. Il est vraisemblable que le nombre de cas déclarés soit sous-estimé car la bureaucratie est dépassée dans certains pays [6].

Hypothèses principales

– La propagation du COVID-19 suit un modèle SIR (Susceptible, Infectious, Recovered). [2]
– Le temps d’incubation moyen est de 3 à 6 jours [3]
– Le temps moyen de récupération est de 13 à 15 jours [4]
– Le taux de contamination varie selon les recommandations du Conseil fédéral [5]
—- Les premières mesures du gouvernement surviennent le 25 février 2020
—-• Les deuxièmes mesures du gouvernement surviennent le 6 mars 2020
—-• Les troisièmes mesures du gouvernement surviennent le 16 mars 2020
—-• Les quatrièmes mesures du gouvernement surviennent le 20 mars 2020

Explications des scénarios

Les graphes proposés offrent la possibilité de sélectionner différents scénarios. Ces projections correspondent à différentes efficacités des mesures prises par le gouvernement en modifiant le taux de propagation du virus. Pour chaque graphe, une courbe de prévision (gris) et des intervalles de confiance optimistes (vert) et pessimistes (rouge) sont affichés. Nous expliquons ci-dessous les méthodes de calcul des différents scénarios proposés.

Projection estimée

La projection estimée est le modèle qui semble le plus pertinent selon les données actuelles.

Prévisions
A partir de l’ensemble des paramètres constituant le modèle (temps d’incubation, temps de récupération, nombre de personnes infectées, etc), plus de 3’000 scénarios sont joués. Les dix scénarios les plus probables (minimisation de l’erreur de détection des cas infectés sur la base historique) sont retenus. La valeur optimale de chaque paramètre est déterminée comme étant la moyenne de ce  paramètre sur les dix scénarios retenus.

Intervalles de confiance
Pour le calcul des intervalles de confiance, seul le nombre total de cas détectés est ajusté. Il se base sur la variation de ce nombre dans les dix scénarios retenus (+- l’écart type de ces nombres). Les autres paramètres des intervalles de confiance sont identiques à la prévision (courbe grise).

Projections estimées sous des restrictions faibles/modérées/fortes

Les projections estimées sous différentes mesures de restrictions montrent l’effet de la modification du taux de propagation sur l’évolution du virus.

Prévisions
Les paramètres sont choisis grâce à la même méthodologie que décrite ci-dessus. Seuls les taux de contamination suivant la dernière mesure prise du gouvernement varient selon la sévérité des mesures. Le degré de sévérité des mesures impacte sur l’arrivée du pic de cas déclarés par jour et sur le nombre total de cas déclarés.

Intervalles de confiance
Le même principe que pour la projection estimée est appliqué.

Nous contacter

Si vous désirez davantage d’informations techniques ou si vous êtes simplement curieux de connaître plus précisément notre approche, n’hésitez pas à nous écrire à l’adresse suivante: info@swiss-sdi.ch

N’oubliez pas que 

“Some things are so unexpected that no one is prepared for them. “
-Leo Rosten in Rome Wasn’t Burned in a Day

Références et liens utiles

[1] https://coronavirus.jhu.edu/map.html
[2] https://en.wikipedia.org/wiki/Compartmental_models_in_epidemiology
[3] https://www.hug-ge.ch/coronavirus/videos-questions-frequentes
[4] Impact of non-pharmaceutical interventions (NPIs) to reduce COVID19 mortality and healthcare demand, Imperial College COVID-19 Response Team, 16.03.2020
[5] https://www.admin.ch/opc/fr/classified-compilation/20200744/index.html
[6] https://rep.repubblica.it/pwa/generale/2020/03/23/news/coronavirus_borrelli_i_numeri_sono_altri_l_epidemia_va_piu_veloce_della_nostra_burocrazia_-252124440/?ref=RHPPTP-BH-I252124970-C12-P7-S1.12-T1

Four avian infectious bronchitis virus (IBV) virions
Four avian infectious bronchitis virus virions (Coronaviridae)
this highly magnified, digitally colorized transmission electron microscopic (TEM) image highlights the particle envelope of a single, spherical shaped, Middle East respiratory syndrome coronavirus (MERS-CoV) virion
Middle East respiratory syndrome coronavirus
Three avian infectious bronchitis virus (IBV) virions
Avian infectious bronchitis virus virions (Coronaviridae)

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Pic de la pandémie : des Gruériens travaillent sur des prévisions. Leurs travaux intéressent un hôpital universitaire suisse. Entretien avec Xavier Bays, l’un des co-fondateurs de Swiss-SDI, basée à Vaulruz.

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Un grand merci à Christian Lovis Professeur, médecin responsable – Service des sciences de l’Information médicale aux HUG pour son message.

Article dans la Gruyère

Vaulruz La start-up Swiss-SDI est spécialisée dans l’analyse prédictive de données. Elle s’est penchée sur l’évolution du virus.